南派共濟(jì)會大師孫傳庭的戰(zhàn)死，讓共濟(jì)會震驚的發(fā)現(xiàn)自己手中已經(jīng)失去了最后一支可以依仗的軍事力量，只剩下輿論力量的南派共濟(jì)會在此后的歷史中驚人的軟弱無力，他們無奈的面對了京城的陷落和宏光的登基。南派共濟(jì)會大師史可法無奈的選擇在揚(yáng)州殉國。而他們的政策也僅限于向羅馬和國際共濟(jì)會要求援助，但卻遭到日本共濟(jì)會的阻撓。

　　這一時期的一個重要事件是北派共濟(jì)會理事冒起宗的兒子冒襄在南京參加了南派共濟(jì)會，這一事實向南方共濟(jì)會揭示了北派共濟(jì)會的存在和萬歷以來的種種陰謀。這導(dǎo)致了南北兩大共濟(jì)會組織的彼此認(rèn)識，和全面開戰(zhàn)。

　　日本共濟(jì)會堅定的捍衛(wèi)著幕府的海禁政策，從而對遠(yuǎn)東貿(mào)易采取釜底抽薪的策略，從而一再的阻撓國際共濟(jì)會對遠(yuǎn)東問題的關(guān)注和對明的援助。而北方共濟(jì)會則全面倒向清，從而在南北斗爭中取得了壓倒性優(yōu)勢。南方共濟(jì)會大師張蒼水的被殺標(biāo)志著南方共濟(jì)會走向崩潰和瓦解，鄭成功作為南方共濟(jì)會的成員卻秘密投降北派，讓南方共濟(jì)會和教皇皆無計可施。此時抗清運(yùn)動已經(jīng)失去基礎(chǔ)變成了南方共濟(jì)會煽動下的小規(guī)模事件，羅馬教廷因此而決定拋棄南方共濟(jì)會，重建大都總主教區(qū)，與北方共濟(jì)會全面恢復(fù)合作。但是這一政策遭到了耶穌會里同情南派共濟(jì)會的高級教士的阻撓。

　　他們采取的驚人的“粗暴政策”導(dǎo)致了雍正對基督教的禁絕，同時也間接的導(dǎo)致南北方共濟(jì)會全都被迫轉(zhuǎn)入地下。北方共濟(jì)會的理事會成員曹雪芹用他的小說敘述了南北兩大共濟(jì)會組織的興衰。并抒發(fā)了他的憤懣。與南派共濟(jì)會成員孔尚任哀嘆南方共濟(jì)會和明的命運(yùn)的《桃花扇》相映成趣。

　　此后南方共濟(jì)會長期處在群龍無首的混亂狀態(tài)，熱衷于組織反清起義或者秘密會社，而北派則以滲透清zf和士大夫恢復(fù)獨(dú)立的合法的教會為目標(biāo)。

　　南派共濟(jì)會的中興大師是林則徐，他是第一個站出來跟清庭合作的南派大師，也是第一個準(zhǔn)備拋棄抗清政策和對耶穌會依賴政策的南派大師，但是他激進(jìn)的政策觸怒了他的理事會，于是絕大部分理事會成員倒向堅持抗清政策的洪秀全，在金田起義之后林則徐剛剛出面鎮(zhèn)壓洪秀全，洪秀全的支持者就大批逃走暴露了共濟(jì)會內(nèi)部的分裂和無力，而林則徐之被毒死才給洪秀全成為無爭議的大師掃清道路。

　　之后的南派大師從洪秀全到孫中山，到m延續(xù)了一條不斷攀升的路線，但是當(dāng)南派共濟(jì)會要求

　　m放棄對蘇聯(lián)的依賴政策，轉(zhuǎn)而繼續(xù)依賴歐洲的時候，m和一貫敵視歐洲的北派共濟(jì)會建立了聯(lián)系。他雖然順從的切斷了跟蘇聯(lián)的關(guān)系，但斷然的發(fā)動了文革，希望蕩平南派共濟(jì)會的力量，依靠北派共濟(jì)會的支持實現(xiàn)獨(dú)立自主的理想。

　　南派共濟(jì)會轉(zhuǎn)而支持新大師D。歷史翻開了新的一頁，南派再次取得壓倒性優(yōu)勢，志得意滿的南派共濟(jì)會在本世紀(jì)初選擇了一個網(wǎng)絡(luò)寫手為他們的新大師并以南派三叔的ID走紅中國網(wǎng)絡(luò)，以此炫耀他們的勝利，但是北派共濟(jì)會則以讓南派三叔成為太監(jiān)三叔的方式回答了南派的挑戰(zhàn)。并準(zhǔn)備再次發(fā)動WG