埃赫那吞偏愛(ài)希利奧波里城的地方神阿吞神(太陽(yáng)神)，因此，在他即位之后，便下令以阿吞神取代阿蒙神為全國(guó)最高神，命令全體子民一律供奉新神。為此，他將自己的名字阿蒙霍特普(阿蒙的鐘愛(ài)者的意思)改成埃赫那吞，意即阿吞的光輝。還自稱(chēng)自己是阿吞神的兒子。
古埃及全國(guó)雖有一個(gè)主神，但各地還有五花八門(mén)的低一級(jí)的地方神。你崇拜你的，我崇拜我的，井水不犯河水，一個(gè)地方一個(gè)樣兒，或幾個(gè)樣兒。許多崇拜對(duì)象對(duì)今天的人來(lái)說(shuō)都似乎不可理解。比如一副弓箭，某件木制的雕刻制品，某種石頭都能成為圣物。至于土地、河流、雨水、泉水、雷、電，則更使他們頂禮膜拜。此外，許多鳥(niǎo)獸昆蟲(chóng)也是崇拜偶像，簡(jiǎn)直無(wú)處沒(méi)有神。
埃赫那吞在全國(guó)推行新神取締舊神的同時(shí)，還要借清除阿蒙神廟僧侶貴族之機(jī)，靠行政命令將千百年來(lái)古埃及人崇拜的其它的神一掃而光。這一措施令習(xí)慣阿蒙神和地方神的埃及人十分奇怪：“這是怎么回事?怎么好端端的阿蒙神不讓拜了?我們自己的神也不讓拜了?一時(shí)間不知內(nèi)情的百姓都有一種大難臨頭的感覺(jué)：“國(guó)家安寧了不少日子，看來(lái)又要出大亂了。“于是富人忙著藏匿私人財(cái)產(chǎn)，遷到鄉(xiāng)間避禍。僧侶們?nèi)鐭徨伾系奈浵�，上竄下跳，企圖影響埃及赫那吞的決策。宮廷內(nèi)部也不安寧。王族成員和一些高級(jí)僧侶們便請(qǐng)已經(jīng)退位的老法老阿蒙霍特尊三世和王后勸勸埃赫那吞。
老法老和王后知道兒子不會(huì)聽(tīng)他們的話，但又擔(dān)心國(guó)家因此出現(xiàn)戰(zhàn)亂，于是趁一天晚上埃赫那吞向他們請(qǐng)安時(shí)對(duì)他說(shuō)：“兒啊，做事情不可走極端。我這輩子承蒙阿蒙神照顧，國(guó)家太平、祥和。你一下子改弦易轍，如此對(duì)待阿蒙神和他的仆人，不僅得罪神，還會(huì)觸怒許多人。不如現(xiàn)在便收回成命，放棄樹(shù)阿吞的打算，化動(dòng)為靜，恢復(fù)國(guó)內(nèi)的平和。”埃赫那吞聽(tīng)罷皺起眉頭，說(shuō)：“父親，近日來(lái)我已聽(tīng)到許多謠言，也有背后罵我咒我的人，蠢蠢欲動(dòng)的人，我已命軍隊(duì)嚴(yán)加防范�，F(xiàn)在您們來(lái)勸誡我。我知道您與他們不同，是擔(dān)心我把事情搞糟。您所說(shuō)的道理我也明白。但阿蒙神廟的僧侶勢(shì)力太大，經(jīng)常干預(yù)朝政，現(xiàn)在他們更加囂張，誹謗君主，煽動(dòng)百姓，若不采取果斷措施，將來(lái)一定要釀成大禍，不如早早快刀斬亂麻，廢除阿蒙神，只尊阿吞神，才能使江山穩(wěn)固。”
老法老說(shuō)：“你的意見(jiàn)雖好，但僧侶為朝廷誠(chéng)心服務(wù)多年，阿蒙神也為百姓崇拜多年，你要是變教，連我和你母親都難以理解，何以說(shuō)服天下?我勸你還是三思后行才好。”
埃赫那吞回答說(shuō)：“父親，我決心已定，決不會(huì)更改。我知道阿蒙神是底比斯的保護(hù)神，可謂根深蒂固。阿蒙神廟僧侶及其家人關(guān)系盤(pán)根錯(cuò)節(jié)，牽三掛四，使我政令難以實(shí)行。我想好對(duì)策，將首都遷往中部，一則避開(kāi)阿蒙神廟僧侶的糾纏，二則便于管理上下埃及和亞洲行省。至于百姓一時(shí)不解，那只是時(shí)間問(wèn)題，他們遲早會(huì)習(xí)慣新神的。”
老法老一聽(tīng)忙搖頭，說(shuō)道：“萬(wàn)萬(wàn)不可。遷都是歷家的一件大事，不能輕率決定。即使你這么做，我和你母親也不會(huì)挪動(dòng)。我們老了，你已長(zhǎng)大成年人，父親的話可以不聽(tīng)，但你要知道，我們都是為你好才這樣說(shuō)的。我們還要說(shuō)，你不能這樣過(guò)激。”
埃赫那吞說(shuō)：“父母親的話我記住了，您們放心。”回到宮里，埃赫那吞悶悶不樂(lè)，王后涅菲爾提問(wèn)他為什么這樣不高興，他便把老法老和王后勸他的事情說(shuō)了，涅菲爾提王后想了一下，便對(duì)埃赫那吞說(shuō)：“如果這樣，我勸陛下還是暫緩行事吧”。
埃赫那吞說(shuō)：“僧侶的反對(duì)是意料之中的，但對(duì)我的行動(dòng)如此不滿卻沒(méi)想到。收回成命，他們自然滿意，但我自己的面子、權(quán)威卻在天下人面前丟盡了。況且僧侶們也未必就此罷休，他們心里藐視我的懦弱。既為一國(guó)之君，就需言必行，行必果。我的罪了阿蒙神的僧侶就得罪到底，但同時(shí)也取得了阿吞神僧侶的贊同，有得必有失。而且以赫倫希布的將領(lǐng)為首向我表示效忠，他們不滿僧侶們所做所為。有軍隊(duì)和手下一班人馬，就不怕這幫裝神弄鬼的人興風(fēng)作浪。”涅菲爾提見(jiàn)埃赫那吞決心已定，就不再勸了。
第二天埃赫那吞當(dāng)著文武百官發(fā)布命令：“由于阿吞神的感召和阿蒙神廟祭司拒不服從我的命令，自本日起關(guān)閉全國(guó)各地非阿吞神的神廟，將僧侶趕出廟門(mén)回家，還俗為民。一切公共建筑物和紀(jì)念物上的阿蒙的名字必須徹底清除。在全國(guó)各個(gè)城市必須建起至少一座阿吞神廟，各級(jí)地方官員要帶頭向我的父親阿吞神獻(xiàn)祭、宣誓、永遠(yuǎn)忠于英明、偉大的造物主阿吞。”